Tsukimi to nieśmiała dziewczyna, która chciałaby zostać ilustratorką. Niestety, Tokio i jego mieszkańcy wydają się ją przytłaczać. Na tyle, że boi się nawet odwiedzić wystawę fotograficzną w jednej z bardziej zatłoczonych dzielnic, gdzie właśnie przedstawiany jest obiekt jej największej fascynacji, a mianowicie… meduzy. Zawsze może jednak liczyć na wsparcie swoich przyjaciółek z akademika Amamizukaya. Miejsce to jest niejako schronieniem dla osób właśnie takich jak Tsukimi – trochę nieprzystosowanych społecznie otaku, a każdy jego mieszkaniec to niezwykłe, aczkolwiek sympatyczne indywiduum. W budynku panuje też bezwzględny zakaz wstępu dla mężczyzn. Pewnego dnia Tsukimi, z pomocą nowo poznanej pięknej i tajemniczej dziewczyny, ratuje od niechybnej śmierci małą meduzę ze sklepu zoologicznego. Nieznajoma zostaje w akademiku na noc, jednak rano sprawy przybierają nieoczekiwany obrót.