Historia ta ma miejsce na początku 21 wieku, w alternatywnej rzeczywistości, gdzie Tokugawa Shogunate nigdy nie stracił władzy nad krajem, a tym samym Japonia utrzymała narzuconą jej izolację od reszty świata, zaś samorząd szkolny Wielkiej Akademii, do której uczęszczają dzieci z wojskowych rodzin, stał się narzędziem do tłumienia buntów i co bardziej rebelianckich jednostek.
Yukimura Sanada i Matabei Gotō przy każdej nadarzającej się okazji starają się walczyć z żeńskimi przedstawicielkami aktualnego samorządu, takimi jak Sen Tokugawa, czy Hanzō Hattori. 16-letni Muneakira Yagyū i jego koleżanka Jūbei Yagyū trafiają w sam środek tejże potyczki.